Не нашел треда тупых вопросов, поэтому создам свой.Я выпускник магистратуры МГУ вмк. Имеется некоторый опыт(4 года) работы веб-макакой и реализации алгоритмов разной сложности из разных областей(графы, строки, численные методы и пр.) на питонах и сях. Хочется вкатиться в биоинженерию и биоинформатику чтобы применить свой потенциал к важному и интересному делу вычисления генов, протеинов(кек) и прочих днк. Нарикаминдуйте с чего начать. Пикрандом.
PhD
http://my.science.ua/blog/biology/khochu-stat-bioinformatikom-s-chego-nachat-sovety-mihaila-gelfanda2.html
>>395257Ой, не работает. Вот.http://my.science.ua/hochu-stat-byoynformatykom-s-chego-nachat-sovety-myhayla-gelfanda/
>>395258спасибо, анончикА что скажешь про этот проект? http://rosalind.info/problems/locations/Дело в том, что я хорошо себя чувствую в реализации всяких алгоритмов и структур данных, средне комфортно в статистике, а в биологии вообще хуй с горы, т.е. ноль полный. На каком примерно уровне надо знать биологию, чтобы вообще браться за дело? И что почитать?
>>395262Биологию надо бы норм знать, без этого почти нереально что-то самому сделать.
>>395346Чаю этому. Биоинформатика, по правде говоря, скорее биология, чем компьютер-сайенс. Для алгоритмически сложных областей типа сборки геномов сейчас основная проблема в том, как соорудить софт, который хорошо работает не в сферическом вакууме, а на конкретном типе данных. Какие-нибудь, я не знаю, прочтения PacBio с их супернизким качеством, запредельной длиной и своеобразными артефактами требуют совершенно не такой оптимизации сборщика, какую требуют, прости Господи, прочтения ABI SOLiD с их ебучим цветовым пространством, крошечной длиной и прекрасной точностью. А для этого надо знать, какие софты уже есть, какие у них недостатки, какие нужны.Соответственно, чаще ты либо занимаешься типовыми анализами (филогенетика в моём случае), что не очень интересно. Либо ты натыкаешься на какой-то интересный феномен (ой, а такой-то классификатор работает! А хуле это он работает, какие такие факторы там специфичность создают?), а для этого уже нужен опять же контекст.С практической точки зрения - иди и набивайся в приличную лабораторию, хоть к тому же Гельфанду. Наука одиночками не очень делается.
> тому же ГельфандуГонять стандартный папкин алгоритм 10 лет подряд и в принудительно-приписном порядке ходить на марши несогласных, показательно жуя бутерброды в очередной ГМО-страшилке по Первому? Ой, ну нахуй такое человеку советовать.>Биологию надо бы норм знать, без этого почти нереально что-то самому сделатьТо-то биоинформатики нихуя ни биологии, ни химии не знают. И ниче, успешно работают.>важному и интересному делуДело немножко переоценено. Не уменьшая практической пользы, там основная наука - круговой самосос в специально созданных под область (и конечно кококоопенсорсных) журналах.ОП, спокойно пиздуй в забугор в любую биоинформатическую аспирантуру и будь спокоен. У меня в лабе биоинформатик - математик из Армении, ему тащемта до пизды чем в сиквенсе R от K отличается, вполне успешно пролез недавно в Nature.
>>395244 (OP)Подавайся в аспирантуру. Не у нас, конечно же. Биологию знать не столь важно, но если будешь владеть хотя бы стандартными курсами биохимии/биофизики/молекулярки, то будешь на две головы выше 80% других биоинформатиков, плюс уменьшишь разрыв в понятийном аппарате при коллаборации с мокрыми биологами. А она (коллаборация) неминуема.
